1、出口貨物退稅企業只有在其出口貨物裝載的運輸工具辦結海關手續后，才能向其報關的海關申請辦理退稅專用報關單。出口貨物在口岸海關直接辦理出口手續的，由企業在口岸海關辦理。出口貨物在內地海關報關后轉關至口岸海關出口的，內地海關在收到口岸海關的轉關的通知單回執后，才予辦理退稅專用報關單。海關根據實際出口貨物的數量、價格等簽發出口貨物專用報關單，并按規定收取簽證費。海關簽發退稅專用報關單的時間為裝載出口貨物的運輸工具辦結海關手續之日起，至海關放行貨物之日起的六個月內。
2、辦理出口退稅必須在出口貨物實際離境后，因此，存入出口監管倉庫的出口貨物要待貨物提取出倉庫并裝載運輸工具離境后，海關才能簽發出口貨物退稅專用報關單。通過轉關運輸方式存入出口監管倉庫的貨物，企業應在貨物裝載運輸工具離境后，向處境地海關申請辦理出口貨物退稅專用報關單。
3、提取出口保稅倉庫貨物銷售給國內企業或三資企業進行深加工產品復出口的，海關按結轉加工的有關規定辦理，不予簽定出口貨物退稅專用報關單。
4、企業遺失海關簽發的出口貨物退稅專用報關單可以補辦，補辦時間為自該出口貨物辦結海關出口監管手續之日起6個月內。補辦時，企業應先到主管其出口退稅的地(市)國家稅務局申請，稅務機關經核實出口貨物確實未辦理過退稅后，簽發《關于申請出具(補辦報關單)證明的報告》。企業得到《報告》后，應到出口貨物原簽發海關去補辦報關手續。海關憑《報告》補簽出口貨物退稅專用報關單。
5、通過進料加工方式生產的貨物辦理出口退稅時，企業必須持外經貿主管部門批件，先送主管其出口退稅的稅務部門審核簽章，稅務部門逐筆登記并將復印件留存備查。海關憑有主管出口退稅稅務部門印章的外經貿主管部門的批件，辦理出口料件“登記手冊”。企業因故未能執行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理注銷手續。
6、出口貨物遇特殊情況發生退關或退運，如海關已簽發了出口貨物退稅專用報關單，報關人需將該報關單退交海關;如企業已交國家稅務局辦理了退稅手續，則應向稅務局申請《出口商品退運已補稅證明》，在辦理退關或退運報關時隨報關單等一并遞交海關，才予辦理退關或退運。
7、國家對外商投資企業辦理出口退稅有特殊規定，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》和國務院有關規定，只有1994年1月1日以后辦理工商登記的外商投資企業才可以辦理出口退稅，而且生產的出口貨物中符合《出口貨物退(免)稅管理辦法》的，才能在辦結海關出口手續后，申請辦理出口貨物退稅專用報關單。
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