企業在生產過程中，會遇上由于料件不足而導致生產停滯的情況，因此也可能使用保稅料件替換國產料件。如果企業有集中內銷補稅的資質，就可以隨時將保稅料件用于內銷產品的生產。按海關規定，集中內銷補稅可以每季度一次集中申報，在不超過手冊核銷期或賬冊核銷周期的前提下，在季度結束的15個工作日內完成內銷補稅手續。雖然簡單，但企業如果沒有保稅料件的管理制度，就很容易出現違規的情況。
通關部門知道保稅料件要及時辦理內銷手續，而生產部門根本就沒有什么保稅和非保稅的概念，在生產中隨時隨地都有可能使用保稅料件替換國產料件，沒有相關記錄，部門間更沒有溝通聯絡，這樣就造成了擅自內銷，擅自挪用保稅料件的違規行為。
安徽海關對某外資公司2020年-2022年的進出口情況進行稽查，聘請會計師事務所對保稅料件進行中介核查，發現該公司在生產過程中，由于料件不足，生產急需，多次使用保稅料件代替國產料件，并且沒有在每季度結束后的15個工作日內向海關申請內銷。企業自述是由于報關人員變動，業務交接失誤，所以造成沒有按時內銷補稅。
上述案例是非常典型的例子，很多企業將報關業務交給報關員之后就不管不問了，只要保證正常進出口就可以了。報關業務是否會出問題，全憑報關員的責任感和運氣。想象一下，一個企業的進出口業務只有一個人知道，沒有書面制度，沒有監督管理，當發生人員變動，業務變動，政策變動等客觀環境的變化時，出問題的概率在50%左右。
進出口企業必須要有完善的通關制度，包括業務方法，教育，報告聯絡，內審等方面。例如在人員變動時需要交接什么內容，由誰來確認交接的結果，這些都要在制度中得到體現。
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