2004年7月1日起實施的《行政許可法》明確規定對6種事項可以設定行政許可，這應是進出口商檢實施的法定依據。
我國《進出口商品檢驗法》規定，“國家商檢部門制定、調整必須實施檢驗的進出口商品目錄并公布實施”，“對列入種類表目錄的進出口商品實施強制性檢驗，未經檢驗或未經檢驗合格不準銷售、使用或進出口”。可以看出，進出口商檢是由政府強制實施的行政行為，具有明顯的行政許可特征。因此，進出口商品檢驗也必須遵循行政許可的基本原則(合法，公開、公平、公正，便民，救濟，信賴保護，不可轉讓，監督)，必須按照設定、實施、監督檢查的程序和制度進行規范。而實際上，在實際操作過程中，進出口商檢很多地方都不符合。
《行政許可法》規定：“本法施行前有關行政許可的規定，制定機關應當依照本法規定予以清理;不符合本法規定的，自本法施行之日起停止執行。”但是至今為止，國家質檢總局始終未表示過作為商檢主體行為的“進出口商品檢驗”是否屬于行政許可行為。2004年，質檢總局把現有45項檢驗檢疫方面行政審批項目上報國務院審改辦(結果保留42項，取消2項，改變管理方式1項)，但其中卻并沒有涉及進出口商品檢驗項目。2005年12月1日新《商檢法實施條例》施行，國家質檢總局仍未表態進出口商品檢驗歸屬行政許可性質。
或許如此一來，進出口商品檢驗就可以規避《行政許可法》的約束，但是，這對于商檢依法行政，對于維護國家、消費者和企業利益，卻無論如何不是好事情。
如果對照《行政許可法》、《商檢法》，現行商檢內容存在許多需要解決的重要問題。
首先，現行商檢內容大大突破了《行政許可法》和《商檢法》規定。按照法律規定，不屬于行政許可允許內容的事項，不應該列為商檢內容。《商檢法》對于商檢內容的規定，已經明確了商品品質、數量、重量、規格型號、包裝外觀等不屬于檢驗要求內容，不應該列入種類表目錄的檢驗內容之中。但實際上，現行種類表中，居然有高達57%屬于商品常規性能檢驗。
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