由于海關手冊管理的方法和實際生產管理方法的不一致，在加工貿易企業中，海關手冊或電子賬冊的理論在庫和實際料件在庫之間必然會發生在庫差異。經過時間的沉淀就成為了“原因不明的在庫誤差。”是海關核查或稽查發現和處罰最多的問題。在實踐中，手冊或電子賬冊的理論在庫和實際料件在庫之間可以達到無限接近零的誤差，但需要企業建立嚴格的保稅料件管理制度并貫徹實施。首先要了解加工貿易手冊或電子賬冊產生在庫誤差的原因。
手冊或電子賬冊與生產無法同步變更：實際生產由于計劃，品質，技術，設計等原因，經常會發生變更。例如單耗變更，料件變更等，由于海關備案沒有及時變更造成出口耗用錯誤，導致在庫誤差發生。手冊或電子賬冊與生產要達到神同步，才能避免在庫誤差發生。 手冊之間串料：以合同為單元管理的電子手冊，不同手冊之間存在相同的或者可以替換的保稅料件，由于企業內部管理不善，手冊之間很容易串料進口，造成某些手冊的在庫盈余，某些手冊的在庫短少。有人認為不同手冊在庫一多一少，很容易向海關解釋。但在實際操作中，手冊的核銷時間有先有后，例如在庫盈余的手冊先行辦理了核銷手續，在庫短少的手冊在核銷時就有可能無法解釋短少的原因了。 不同項目保稅料件串料：以項號歸并管理的電子手冊或賬冊，如果歸并關系管理不善，某個料件的歸并關系不固定，有時按a項目進口，有時按b項目進口，就會造成a和b項目的在庫誤差。 保稅料件和非保稅料件之間的串料：同一個料件如果存在保稅和非保購入的情況，非常容易造成在庫誤差。雖然說在手冊備案時可以注明保稅和非保稅料件的比例，但在實際生產中非常難以控制。因為這些料件的料號一樣，外觀一樣，單耗一樣，組裝成的成品一樣，在生產和在庫管理中根本無法區分，串料是必然發生的問題。 半成品生產方法變動造成的在庫誤差：用于組裝成品的半成品，有兩種購入方法，其一是購入零部件在企業內部生產，此時耗用的料件是半成品的構成零部件。其二是直接購入半成品，此時耗用的料件就是半成品本身。兩種方式的單耗差異巨大，如果同一種半成品，既有內部生產又有外部購入，就會造成巨大的在庫誤差。 單耗和損耗數據錯誤：手冊和電子手冊的備案工作在進出口前要完成，由于時間的關系，企業的生產可能正在進行中，技術部門根據設計圖紙計算的單耗和實際單耗有差異。生產中工藝損耗的數據是不穩定的，如果不能正確估算損耗率，也會造成在庫差異。還有無形損耗如果沒有正確申報同樣會造成在庫差異。 擅自處理保稅料件：這是加工貿易企業中常見的問題，由于企業內部海關知識教育的問題，管理體制缺失，造成隨意丟棄保稅料件，行郵渠道進出保稅料件，外借保稅料件，測試和品質檢查用保稅料件和成品管理不善，擅自處置不良品，邊角料等都會造成保稅料件的在庫誤差。 保稅料件丟失：某些保稅料件的尺寸非常小，例如非常細小的滾珠，螺絲，半導體元件等，不可避免的加工生產中會因跌落等客觀因素造成保稅料件丟失從而導致在庫誤差。 備案錯誤：由于報關員不夠專業而導致料件，成品，單耗備案方法，輸入數據錯誤，從而造成在庫誤差。
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