海關會委托第三方機構協助對企業展開稽查，稱為中介核查或稽查。第三方機構通常是符合條件要求的會計師事務所。由會計師事務所對企業展開審計，出具審計報告，海關再根據審計報告出具稽查意見。所以這份審計報告的內容就尤為重要，直接關系到稽查的結果。然而很多會計事務所精于數據統計，卻并不十分了解海關業務。企業在拿到審計報告時，除了注意數據的準確性之外，還要留意審計報告中的意見，有些專家的意見并不是全對的，一定要有所判斷。
例如福建某集團公司接受中介稽查時，會計師出具的審計報告就有比較大的漏洞。該企業管理規范，2018年3月-2021年3月間按實際內銷數量向海關補稅料件8500噸，同期國內購料800噸，合計9300噸。實際內銷數量和申請補稅數量一致，這應該是沒問題的吧。可是審計報告中卻計算了同期內銷產品的理論耗料為9000噸，多耗用了300噸。于是就推斷這多耗用的300噸是結余保稅料件應該補稅。企業不知道為什么同意了這份審計報告，于是海關就據此出具了要補稅的稽查征求意見書。
后來企業醒悟過來，向海關做出申述，企業按實際數量向海關申請內銷補稅，完全符合海關規定。至于內銷多耗用300噸是會計師根據手冊備案單耗計算得出的，由此推斷是結余保稅料件缺乏證據。而且邏輯有問題，實際多耗用300噸料件應該推斷企業多補稅300噸，而不是少補稅300噸。經過申述，海關取消了補稅的決定，對企業不予處罰。可見會計師的意見也不總是對的，而且有可能是錯得很離譜。
在此討論這個案例還有一個原因，按規定加工貿易企業只要按實際數量向海關申請料件內銷補稅就可以了。補完稅的料件就已經不是保稅料件了，不能再按加工貿易手冊方式來監管，用加工貿易手冊的備案單耗來推斷內銷數量是否正確。這樣的審計就保稅料件監管延伸到非保稅料件的監管，沒完沒了。現在沒有法規規定企業要如何管理非保稅料件，要留下什么數據和記錄，要企業回答這300噸理論差異的原因，實在是強人所難。有點欲加之罪，何患無辭的感覺。
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