保稅邊角料和殘次品都是保稅貨物，但是在定義和處理方式上有明顯的區別。邊角料，是指加工貿易企業從事加工復出口業務，在海關核定的單位耗料量內（以下簡稱單耗）、加工過程中產生的、無法再用于加工該合同項下出口制成品的數量合理的廢、碎料及下腳料。
保稅邊角料的處理方法是“先拍賣，后補稅，再處理。”三步走。首先在通過電子口岸單一窗口登錄“加工貿易邊角廢料內銷網絡交易系統”提交拍賣申請，注意申請拍賣的數量應該和企業庫存的邊角料數量吻合。第二步，拍賣成交后，按照拍賣成交價格向所在地主管海關申請邊角料補稅，監管方式為“進料邊角料內銷”0844或“進料邊角料內銷”0845。補稅后不扣減手冊/賬冊的保稅料件在庫，但是在手冊核銷時會與手冊/賬冊備案的工藝損耗計算的理論邊角料在庫進行比對。第三步，邊角料出庫銷售，此時應再核對補稅數量和實際銷售數量是否有差異。銷售數量不足則在下一批次出庫補足，銷售數量過大則只能按補稅數量出庫。
殘次品，是指加工貿易企業從事加工復出口業務，在生產過程中產生的有嚴重缺陷或者達不到出口合同標準，無法復出口的制品（包括完成品和未完成品）。在實際生產中包括料件，半成品，完成品。處理方法是“先補稅，再處理。”即使企業有集中內銷資格，也應向主管海關咨詢殘次品內銷是否屬于集中內銷的范疇。殘次品處理畢竟不是正兒八經的內銷，有些海關并不認可殘次品可以集中內銷，保險起見，還是先補稅后處理為妥。
殘次品按料件形式向海關申請補稅，監管方式為“進料料件內銷”0644或“來料料件內銷”0245。殘次品補稅價格以實際進口價格為準，不能低于核銷期內該料件的加權平均進口價格。補稅后扣減保稅料件的在庫，完成補稅后就可以出庫處理殘次品了，同樣要注意確認補稅數量和處理數量是否一致。
很多企業并不注重殘次品的實物管理，不分類別，不分品種堆放在一起。企業自身都無法根據殘次品記錄確認是否有那么多的實物。如果海關下廠核查，是根本無法確認殘次品的記錄和實物是否相同，將會導致殘次品無法順利內銷處理，甚至引申出擅自處理保稅貨物的案件。
殘次品正確的管理方法也應該按料號為單位管理，殘次品接收部門要做好記錄和分類管理，與殘次品記錄不符合的實物要拒收，或者要求更改殘次品記錄。實物存放方面則應用小包裝將殘次品分類裝箱，小包裝上貼有料號和殘次品記錄單號，按月裝箱保管，箱子外貼有殘次品記錄清單。根據殘次品大小不同也有其他的管理方法，目的是將殘次品記錄和實物對應起來管理。按殘次品記錄補稅，按殘次品記錄出庫，就可以做到補稅數量等于殘次品處理數量。
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