根據如實申報的原則，應該按照實際產生邊角料和殘次品的數量向海關申報。對于生產中產生的殘次品，折算為料件向海關申請補稅，核扣手冊或賬冊，才能保證進出口平衡。海關也是根據企業申請的數量或實際核查的數量接受企業的補稅申請，所以企業要對殘次品進行妥善管理，完整記錄殘次品產生，保存和處理的數據，這樣才能保證如實申報。殘次品是無法計算或預估的，一定是按照實際產生的數量申報的。
對于邊角料來說，則涉及到了損耗率的概念，企業的生產過程如果有工藝損耗則在手冊備案時要申報損耗率，例如注塑生產工藝中產生的水口，沖壓工藝中產生的邊角等。通過損耗率可以算出產生的邊角料數量，單耗=凈耗/（1-工藝損耗率）。損耗率也要如實申報，如果預估一個損耗率，使用平均損耗率都會出現問題。損耗率偏大，理論上產生的邊角料就會比實際產生的要多。出現這種情況的時候，按實際產生的邊角料補稅，在報核時手冊還會顯示有邊角料未補稅。如果按理論邊角料來補稅，企業多交稅不說，碰上海關下廠核查，還會被質疑擅自處理了保稅邊角料。（*同時也會造成單耗虛高，造成保稅料件的在庫盈余，在報核時也要向海關進行解釋說明。）
除了按實際申報損耗率以外，妥善管理邊角料，加快處理頻度也是可取的方法，這樣可以及時發現問題所在，修正手冊單耗，以免在臨近手冊報核前才發現問題，根本沒有時間挽救錯誤。
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