跨境電商企業通過電子賬冊進口保稅商品至海關特殊監管區域，然后再根據電商平臺的訂單分拆出區銷售。在這物流過程中，由于管理不善，物流和信息流沒有一一對應，就會導致進區和出區申報數據不一致，造成進口保稅跨境電商商品的實際庫存少于海關電子底賬數量。
保稅商品入區申報后，電子底賬數據增加。而網購保稅進口商品零售出區申報時，主管海關審核電子商務企業申報的《中華人民共和國海關跨境電子商務零售進口商品申報清單》，電子賬冊底賬數據進行相應核減。
而且海關根據監管需要，結合風險程度，對參與網購保稅進口業務的倉儲企業采取全盤、抽盤等方式進行盤庫，并將電子底賬核算結果與實際庫存量進行對比，分別進行以下處理：
(一)實際庫存量多于電子底賬核算結果的，按照實際庫存量調整電子底賬的當期余額；
(二)實際庫存量少于電子底賬核算結果且企業可以提供正當理由的，對短缺的部分，責令企業參照貨物辦理后續補稅手續。
近期成都海關和福州海關等地對跨境電子商務平臺企業的電子賬冊開展保稅核查作業，均發現企業實際庫存較海關底帳短少。由于當事企業無法提供正當理由而被海關處罰并補繳稅款。
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