電子提單的形式特征和輸送特征決定了電子提單必定會引起當事人法律責任承擔分配的改變。針對前述的電子提單所引發的新風險，傳統的責任原則以及責任限制應該因應改變。
3.1 應采取更為嚴格的推定過錯責任原則
所謂推定過錯責任原則是指在適用過錯責任原則的前提下，在特殊的情形下，可以損害事實本身推定加害人的過錯，而無須受害人加以證明的歸責原則，是過錯責任原則的一種特殊表現形式。通常情況下，電子提單的客戶難以舉證證明承運人存在過錯。在過錯責任原則下，客戶必須證明承運人存在過失才能要求承運人予以賠償。這對于相對弱勢的客戶是十分艱巨的。這樣，客戶得到承運人賠償的可能性降低。而過錯推定責任則把舉證責任倒置，使承運人承擔舉證責任，顯得更公平、公正。
3.2 建立相對責任限制制度或者取消責任限制制度
對于責任限制制度的改革，有的觀點認為提高限額即可，有的觀點認為應該取消責任限制制度，實行無限額責任制度。例如在1995年2月國際民用航空組織發出的調查問卷中回答了問卷的72個成員國中只有3個贊成無限額責任。來自于非洲或加勒比和中東國家的(承運人)贊成100000sdr的責任限額，而亞洲/太平洋、歐洲和北美則支持將限額提高到250000sdr或更多。然而，是否取消責任限制制度的問題并非一朝一夕得以解決。不過，從法律的角度、公平的角度，提高賠償的限額或取消責任限制制度勢在必行。隨著科技的進步，承運人對運輸過程中的風險的控制力增強，放寬或取消承運人的責任限制制度已成呼聲。筆者認為在目前這種情況下，我們可以實行相對的責任限制原則，即區分承運人的主觀因素而實行不同的責任制度。若由于非承運人過失或故意而導致的客戶損失，承運人不予以賠償。若由于承運人的過失而導致客戶的損失，承運人可以享受限制賠償制度的保護。若由于承運人的故意而導致客戶的損失，承運人應當承擔全部賠償責任。
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