內(nèi)銷補稅是加工貿(mào)易企業(yè)稽查重點，在日常管理中必須要注重。內(nèi)銷補稅分為成品內(nèi)銷，不良品和殘次品補稅，邊角料補稅。在企業(yè)中牽涉到物流管理，倉庫管理，生產(chǎn)線，生產(chǎn)管理，財務(wù)，關(guān)務(wù)等各個部門。關(guān)務(wù)部門要將內(nèi)銷補稅的要求告知相關(guān)部門，并督促他們做好相關(guān)管理。
成品內(nèi)銷補稅的業(yè)務(wù)鏈條：（1）接收內(nèi)銷訂單（生產(chǎn)管理部門）--（2）制定內(nèi)銷生產(chǎn)計劃（生產(chǎn)管理部門）--（3）內(nèi)銷生產(chǎn)（生產(chǎn)線）--（4）成品倉庫入庫--成品倉庫出庫（倉庫管理部門）--（5）銷售（財務(wù)部門）。
關(guān)務(wù)部門要求各部門保管好內(nèi)銷相關(guān)數(shù)據(jù)，重點確認(rèn)第（4）和第（5）項業(yè)務(wù)的數(shù)據(jù)要吻合。由于使用集中內(nèi)銷補稅，在補稅時成品已經(jīng)銷售了，所以不存在對實物的庫存管理。
不良品和殘次品補稅的業(yè)務(wù)鏈條：（1）不良品和殘次品產(chǎn)生（生產(chǎn)部門，技術(shù)部門）--（2）不良品和殘次品收集（倉庫管理部門）--（3）定期補稅（關(guān)務(wù)部門）--（4）不良品和殘次品處理（企業(yè)指定部門）。
關(guān)務(wù)部門要教育和監(jiān)督生產(chǎn)部門和技術(shù)部門將產(chǎn)生的保稅不良品和殘次品全部交給倉庫管理部門。由于海關(guān)不一定同意不良品和殘次品補稅適用集中內(nèi)銷補稅，所以要先補稅后處理，關(guān)務(wù)部門在申報前要確認(rèn)不良品和殘次品的庫存和補稅數(shù)量是否一致。并且要求相關(guān)部門留下不良品和殘次品的廢棄或轉(zhuǎn)賣記錄。
邊角料補稅的業(yè)務(wù)鏈條：（1）邊角料產(chǎn)生（生產(chǎn)部門）--（2）邊角料收集（倉庫管理部門）--（3）拍賣和定期補稅（關(guān)務(wù)部門）--（4）不良品和殘次品處理（企業(yè)指定部門）。
關(guān)務(wù)部門要教育和監(jiān)督生產(chǎn)部門將產(chǎn)生的保稅邊角料全部交給倉庫管理部門。邊角料不適用集中內(nèi)銷補稅，所以要先補稅后處理，并且要通過符合要求的拍賣平臺競拍確定價格。關(guān)務(wù)部門在申報前要確認(rèn)邊角料的拍賣數(shù)量和補稅數(shù)量是否一致。并且要求相關(guān)部門按補稅數(shù)量轉(zhuǎn)賣邊角料，并留下記錄。
企業(yè)內(nèi)部管理環(huán)環(huán)相扣，如果沒有完整的管理鏈條，就可能會出現(xiàn)內(nèi)銷數(shù)量和補稅數(shù)量不一致，超過規(guī)定期限補稅，甚至是擅自處理保稅料件等違規(guī)事故。
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